A Universidade Federal de Pernambuco possui quatro Conselhos Superiores, cuja tarefa é auxiliar a Reitoria e as Pró-reitorias na tarefa de administrar a instituição. Cada uma dessas instâncias tem uma atribuição distinta e integrantes que os diferenciam entre si.

O Conselho Universitário é o órgão normativo e consultivo da UFPE. O Conselho de Administração é a instância responsável pelas matérias administrativas da instituição. O Conselho de Ensino, Pesquisa e Extensão gerencia as ações ligadas a essas três áreas. Já o Conselho de Curadores é o núcleo encarregado da fiscalização econômico-financeira da UFPE.