A Auditoria Interna é o órgão técnico de Controle Interno e Assessoramento ao Conselho de Administração da Universidade, conforme as disposições preliminares do seu Regimento Interno, aprovado pelo Conselho de Administração em sua 1ª sessão ordinária do exercício de 2002, realizada no dia 16 de janeiro do mesmo ano. 

Tem por finalidade básica o trabalho de caráter preventivo e consultivo, com o objetivo de assegurar a regularidade das gestões contábil, orçamentária, financeira, patrimonial e operacional da instituição, e prestar apoio aos órgãos do Sistema de Controle Interno do Poder Executivo Federal. Criada em 1995, a Auditoria Interna é um dos setores do Gabinete do Reitor.